简化基因组BSA比全基因组BSA价格便宜？

简化基因组技术，捕获的基因组信息占基因组大小约1％~10%，全基因组技术，对整个基因组测序，获得的变异信息更全面，性价比更高，数据量。

DNA样品如何混池？先混样再提DNA？还是先提DNA再等量混合？

先提DNA再等量混合，可以减少系统误差，近年发表的多数文献都是先提DNA再等量混合。

能否保证定位到的候选区域的大小和候选基因的个数？

候选区域的大小和候选基因个数的多少，与群体的大小、亲本材料差异的大小、目标性状特点、测序深度的多少、分析物种的基因组水平等多项因素相关，因此不能给出统一的标准，但可以参考已完成的项目经验进行估计。

没有参考基因组的物种能否做BSA性状定位？

没有参考基因组的物种可以进行SNP频率差异分析，可以找到候选区段，但是无参定位效果较差，并且缺少注释文件，获得的结果少。无参物种一般情况不推荐做BSA性状定位，建议尝试遗传图谱等方案。

多倍体物种可以进行BSA性状定位吗？

已经组装的多倍体参考基因组物种，例如：“油菜、烟草、棉花”，可以用BSA进行性状定位。

人工诱变只能是EMS诱变吗？其他诱变方式得到的性状可否采用BSA性状定位？

BSA性状定位是基于SNP，通过比较SNP频率差异进行分析的，EMS诱发的是点突变，所以EMS诱发的突变适合这种分析方式；其他的诱变方式诱发的大部分是结构变异，在SNP水平上可能找不到导致目标性状差异的区域，所以不适合SNP频率分析的方法。

2013年，Henke等总结了全基因组BSA相比转录组（RNAseq）进行性状定位的优点。

1. 覆盖范围：全基因组BSA可以覆盖整个基因组，而RNAseq只对编码区进行测序。 2. 基因检测的偏好性：全基因组BSA对基因的检测较均匀，无偏好性，不受时间或者组织的影响。RNAseq偏向于在特定时间或者组织中高表达的基因。 3. 区域偏好性：基因分布不均匀，若一些区域基因密度低，用RNAseq可能漏掉。 4. 多态性：基因组的多态性多数位于非编码区，采用RNAseq检测到的多态性较低，只有少数与突变位点连锁的多态性标记能被RNAseq检测到。因此，采用全基因组BSA更容易检测到与目标基因连锁的多态性标记。