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太阳集团2018网站产品|环境DNA产品自建数据库大揭秘!

来源:admin    发布时间:2022-11-25   阅读数:454

环境DNA(environmental DNA,eDNA)是指从生物体释放到环境中的游离DNA分子。而利用DNA宏条形码技术对环境DNA进行检测,获取遗传物质序列,将序列与已有数据库序列进行比对获得物种信息,从而开展系列物种研究是近年来研究的热点手段。为更好地满足科学研究和应用的需求,太阳集团2018网站旗下子公司壹健生物开发了环境DNA产品。

DNA宏条形码主要基于特定标志基因序列差异辨别物种,不同标志基因的物种覆盖度(coverage)和物种敏感性(sensitivity)存在巨大差异。

高敏感性、低覆盖度的标志基因会导致大量物种的漏检;

而高覆盖度、低敏感性的标志基因则不能有效地区分近源物种。



因此,想要DNA宏条形码生物检测做到量大且精准,选择合适的标志基因必不可少。

DNA条形码数据库在目标序列对比分析时,环境DNA宏条形码技术需要一个高质量、高准确度的参考数据库。构建这样一个高质量、高准确度的数据库是一项非常艰难的任务。为了更好地服务于环境DNA的研究,基于以下标志基因,我们净化了多个公共数据库,构建了太阳集团2018网站的条形码数据库,帮助您获得更全面的注释的结果!



常见的宏条形码标志基因有:

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太阳集团2018网站条形码数据库构建



其中,12S自建数据库里鱼类的条形码有26117条,涉及到 7个纲,92个目,542个科,3362个属,11200个种。
基于二代测序得到数据经过生物信息学分析,再通过太阳集团2018网站特有的条形码数据库进行物种注释,得到OTU表。基于OTU物种注释表,可以对不同样本的多样性,群落结构,优势物种进行统计分析,同样也可以对样本之间的物种差异,一致性等信息进行统计分析。

02


新外来入侵物种及

中国红色物种数据库


除了物种条形码数据库,太阳集团2018网站还梳理了中国外来入侵物种776个物种及中国红色物种名录48,109个物种,若样本检出相应的物种,会在报告中体现。
表3.6.1 中国外来入侵物种检索


表3.7.1 中国物种多样性红色名录检索


表3.7.2 中国物种多样性红色名录样本统计


EX:绝灭  EW:野外绝灭  RE:地区绝灭  CR:极危  EN:濒危  VU:易危  NT:近危  LC:无危  DD:数据缺乏
太阳集团2018网站环境DNA检测项目可以满足多种物种类型的环境DNA检测需求可以,应用于水体生物多样性监测、动物食性分析、法医遗传学鉴定、入侵物种监测等领域,为生物多样性研究提供新的技术手段。
同时,太阳集团2018网站也愿与全国各地的专家共同构建中国本土特有物种条形码数据库,为提高基于分子生物学物种鉴定的准确性和成功率,为生物快速批量监测提供基础支撑做准备。



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