Cell

标题： Expansion of the global RNA virome reveals diverse clades of bacteriophages

译名：全球土壤自然保护热点

作者：Uri Neri等

时间：2022-09-28

期刊：Cell

影响因子：66.85

DOI：10.1016/j.cell.2022.08.023


摘要

病毒是生物体的专性细胞内寄生虫，被认为是地球上数量最多的生物实体。对来自不同栖息地和宿主的RNA病毒基因组进行广泛的调查对于了解RNA病毒的进化至关重要。该研究从各种环境中挖掘了5150个宏转录组，将RNA病毒多样性在种和属之间的粒度水平上从13282个扩展到124873个不同的簇。研究确定了两个候选的附加门和许多暂定的纲、目和科，同时包括可能感染细菌的未报告谱系。此外，研究报告了多个意想不到的蛋白质结构域，其中一些可能会对抗抗病毒防御。高通量RNA测序为探索地球RNA病毒组提供了广泛的机会，该研究挖掘5150个不同的宏转录组发现了>250万个RNA病毒重叠群，对>330000个RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）的分析表明，这种扩展对应于已知RNA病毒多样性的5倍增加。基因含量分析揭示了以前在RNA病毒中未发现的多个蛋白质结构域，并且与病毒-宿主相互作用有关。扩展的RdRP系统发育支持五个已建立门的单系，并揭示了两个假定的附加噬菌体门和许多假定的附加纲和目。由细菌和相关真核病毒组成的急剧扩张的Lenarviricota门现在占RNA病毒组的三分之一。CRISPR间隔匹配和溶菌蛋白的鉴定表明，以前与真核生物相关的皮科比纳病毒和部分病毒亚群感染原核宿主。



推荐语

该研究结果极大地扩展了Orthornavira界的多样性，特别是与细菌相关的RNA病毒的多样性，同时在最新的分类方案中引入了相对较小的变化，支持其总体稳健性。此外，还预测了RNA病毒中的多种蛋白质功能以及帮助研究人员确定要通过实验表征的关键RNA病毒基因组。



   Nature Communications  

标题：Polerovirus N-terminal readthrough domain structures reveal molecular strategies for mitigating virus transmission by aphids

译名：极病毒N端通读结构域结构揭示了减轻蚜虫病毒传播的分子策略

作者：Carl J. Schiltz等

时间：2022-10-26

期刊：Nature Communications

影响因子：17.694

DOI：10.1038/s41467-022-33979-2



摘要

极化病毒、核毒素病毒和黄体病毒是二十面体、正义RNA病毒，可在粮食和纤维作物中引起经济上重要的疾病。它们通过韧皮部蚜虫以循环方式传播，涉及昆虫组织之间和内部的运动。病毒通读域的N端部分（NRTD）被认为是这些属中蚜虫传播的关键决定因素。在这里，我们报告了N来自极化病毒萝卜黄病毒（TuYV）和马铃薯卷叶病毒（PLRV）的RTD分辨率分别为1.53-Å和2.22-Å。它们采用具有独特指指拓扑结构的双域排列，并形成高度保守的二聚体，这些二聚体由C端肽稳定，这对于正确折叠至关重要。我们证明PLRVNRTD可以作为病毒传播的抑制剂并识别N对蚜虫致命的RTD突变变体。序列守恒认为enamovirus和黄体病毒NRTD将遵循相同的结构蓝图，它提供了一种生物学方法，以可推广的方式阻止这些农业病原体的传播。


推荐语

该研究提出了极化病毒的原子分辨率晶体结构NRTD，展示了几种将NRTD传递给蚜虫的有效方法，为防止破坏性P/E/L病原体传播的通用管理策略铺平了道路。阻断病毒传播的分子途径对新型疾病控制技术的发展具有重大意义，该发现代表着在农业环境中实现这一目标的重大进步。




Cell Host & Microbe

标题：Rare, convergent antibodies targeting the stem helix broadly neutralize diverse betacoronaviruses

译名：针对茎螺旋的稀有会聚抗体广泛中和多种β冠状病毒

作者：Cherrelle Dacon等

时间：2022-11-07

期刊：Cell Host & Microbe

影响因子：31.316

DOI：10.1016/j.chom.2022.10.010



摘要

人类最近面临三次新型β冠状病毒的爆发，强调需要开发广泛针对冠状病毒的方法。该研究鉴定了来自COVID-19恢复期供体的55种单克隆抗体，这些抗体结合不同的β冠状病毒刺突蛋白。大多数抗体靶向包含K814残基且非中和的S2表位。然而，针对干螺旋的11种抗体中和了来自不同谱系的β冠状病毒。该组中的八种抗体，包括六种最广泛和最有效的中和剂，由IGHV1-46和IGKV3-20编码。在1.5-1.75-Å分辨率下，该类三种抗体的晶体结构揭示了保守的结合模式。COV89-22中和了令人担忧的SARS-CoV-2变异株，包括奥密克戎BA.4/5和叙利亚仓鼠的有限疾病。总的来说，这些发现确定了一类IGHV1-46/IGKV3-20抗体，这些抗体通过靶向干螺旋广泛中和β冠状病毒，但表明这些抗体仅占SARS-CoV-2感染后对β冠状病毒的广泛反应性抗体反应的一小部分。


推荐语

这项研究从几个个体中鉴定出收敛的IGHV1-46 / IGKV3-20 mAb，这些个体靶向S2茎螺旋以广泛中和β冠状病毒。同时，该研究提供了可能有助于设计下一代冠状病毒疫苗的信息。



   Trends in Microbiology  

标题：A structural understanding of influenza virus genome replication

译名：流感病毒基因组复制的结构理解

作者：Zihan Zhu等

时间：2022-11-03

期刊：Trends in Microbiology

影响因子：18.23

DOI：10.1016/j.tim.2022.09.015


摘要

流感病毒包含单链负义RNA基因组。基因组的复制由病毒RNA依赖性RNA聚合酶在病毒核糖核蛋白（RNP）复合物的背景下通过正感互补RNA中间体进行。通过与辅助病毒和宿主因子的相互作用，严格控制基因组复制。在重组蛋白表达的发展以及x射线晶体学和冷冻电子显微镜技术的改进的推动下，已经捕获了复制过程的快照。本文回顾了最近的结构数据如何阐明流感病毒基因组复制的分子机制，特别是新生RNA的衣壳，从头RNP组装以及通过与宿主和病毒线索的相互作用调节复制起始。



推荐语

最近的结构研究揭示了与病毒RNA基因组复制有关的流感病毒聚合酶复合物的快照。最重要的是，已经观察到与宿主ANP32A结合的流感聚合酶二聚体复合物，这可能代表病毒RNA基因组复制的平台，并将新生的复制产物组装成具有聚合酶和NP的RNP。




Immunity

标题：Single-cell transcriptome analysis of the in vivo response to viral infection in the cave nectar bat Eonycteris spelaea

译名：单细胞转录组分析洞穴花蜜蝠体内对病毒感染的响应

作者：Akshamal M. Gamage 等

时间：2022-11-08

期刊：Immunity

影响因子：43.474

DOI：10.1016/j.immuni.2022.10.008


摘要

蝙蝠是许多具有大流行潜力的人畜共患病毒的宿主。研究利用单细胞转录组测序 (scRNA-seq) 来分析体内感染双链RNA病毒Pteropine oreo病毒PRV3M后蝙蝠肺中的免疫反应。蝙蝠中性粒细胞的特点是基础IDO1表达高。NK细胞和T细胞是肺组织中含量最高的免疫细胞。通过KLRB1，GFRA2和dpp4的差异表达可以描述三个不同的CD8效应T细胞群。选择NK和T簇在病毒感染早期增加参与T细胞活化和效应功能的基因的表达。肺泡巨噬细胞和经典单核细胞驱动抗病毒干扰素信号传导。感染扩大了表达胶原蛋白样基因的CSF1R群体，成为感染后主要的髓系细胞类型。这项工作揭示了与蝙蝠病毒疾病耐受性相关的特征，为未来的实验工作奠定了基础，并作为比较免疫学研究的资源。



推荐语

体内病毒感染时蝙蝠肺免疫细胞的scRNAseq分析得出中性粒细胞E. spelaeaIDO1的基础表达量高，主要由肺髓细胞驱动的体内感染的抗病毒反应以及结果揭示感染后早期广泛NK和T细胞活化的转录证据。