本期太阳集团2018网站导读为大家播报有关病毒最新研究进展，如果大家想看本期任何一篇文章的详细精读，欢迎在下方给我们留言哦，我们将在后期推文中为大家带来详细解读~
标题：Extensive gut virome variation and its associations with host and environmental factors in a population-level cohort
译名：广泛的肠道病毒变异及其与人群水平队列中宿主和环境因素的关联
作者：Suguru Nishijima等
时间：2022-09-06
期刊：Nature Communications
影响因子：17.694
DOI：10.1038/s41467-022-32832-w
摘要：人类肠道中的本地噬菌体群落（virome）对肠道细菌群落（细菌组）的结构和功能具有巨大影响，但尚未完全研究种群规模的病毒组变异。本研究分析了日本4198个深度表型个体的4D队列中的肠道dsDNA病毒组。通过宏基因组reads的组装，发现了数千个高质量的噬菌体基因组，包括以前未表征的噬菌体分支，其细菌宿主与已知的主要噬菌体宿主不同。宿主细菌的分布是肠道中噬菌体分布的强决定因素，病毒组多样性与细菌组的抗病毒防御机制高度相关，例如CRISPR-Cas和限制性修饰系统。本研究确定了97种显著影响病毒组结构的各种内在/外在因素，包括年龄、性别、生活方式和饮食，其中大多数与噬菌体及其预测的细菌宿主表现出一致的关联。在宏数据类别中，疾病和药物对病毒组结构的影响最强。总体而言，这些结果为了解人类肠道中细菌及其病毒的共生群落提供了基础，这将促进本土病毒的医疗和工业应用。
推荐语：该研究的关联分析揭示了许多与肠道病毒组显著相关的内在/外在因素，其中包括以前未识别的因素，特别是在疾病和药物方面。对人类肠道病毒组的人群水平分析揭示了其与相应细菌组和各种因素的实质性变化和关联。这些结果为更好地了解人类肠道中的病毒和微生物生态学提供了基础，并有望促进肠道微生物群落的医疗和工业应用。
标题：Structural characterization of a soil viral auxiliary metabolic gene product – a functional chitosanase
译名：土壤病毒辅助代谢基因产物——功能性壳聚糖酶的结构表征
作者：Ruonan Wu等
时间：2022-09-19
期刊：Nature Communications
影响因子：17.694
DOI：10.1038/s41467-022-32993-8
摘要：宏基因组学正在挖掘以前隐藏的土壤病毒世界。宏基因组中的许多土壤病毒序列含有推测的辅助代谢基因(AMGs)，而这些基因与病毒复制无关。本实验确定土壤病毒上的AMGs实际上产生了功能性的、活性的蛋白质。研究专注于可能编码壳聚糖酶的AMGs，这些酶代谢甲壳素－一种常见的碳聚合物。研究表达并功能性地筛选从环境宏基因组中鉴定出的几个壳聚糖酶基因。其中一种表达蛋白具有内壳聚糖酶活性(V-Csn)，在超高分辨率下结晶并进行了结构表征，从而代表了土壤病毒AMGs产物的结构。该结构提供了活性位点的详细信息，并与使用AlphaFold确定的结构模型一起，有助于理解底物特异性和酶机制。该研究结果支持了土壤病毒对其宿主具有辅助功能的假设。
推荐语：迄今为止，只有一种土壤病毒AMGs被表达并具有功能特征并且没有现有的土壤病毒AMGs晶体结构。本研究表征并验证了土壤病毒壳聚糖酶AMGs产物的功能和结构。通过克隆和表达基因并进行活性测定来确认壳聚糖酶确实具有功能性。
标题：Landscapes of Enteric Virome Signatures in Early-Weaned Piglets
译名：早期断奶仔猪肠道病毒特征的景观
作者：Shiyu Tao等
时间：2022-08-01
期刊：Microbiology Spectrum
影响因子：9.043
DOI：10.1128/spectrum.01698-22
摘要：早期断奶应激引起的腹泻可增加仔猪死亡率，降低仔猪的生长性能，严重危害畜牧业。迄今为止，对早期断奶仔猪肠道微生物组的研究几乎只集中在细菌上，而对其肠道病毒组的研究极为缺乏。本文采用宏基因组和宏转录组测序，结合生物信息学分析技术，初步表征了不同生物分类水平下早断奶仔猪的肠道病毒组。与健康仔猪相比，早期断奶伴腹泻仔猪的肠道病毒α多样性普遍升高，而两组仔猪的β多样性差异无统计学意义。此外，健康仔猪和腹泻仔猪肠道病毒组的物种组成相似，而它们各自的优势物种则略有不同。研究在所有生物分类学水平上确定了两组仔猪之间的58种差异DNA病毒和16种差异RNA病毒。其中，1种（达卡病毒科）和6种（阿特维病毒门、雷夫特拉病毒科、奥特病毒目、逆转录病毒科、伽马利特病毒属和鼠肉瘤病毒种）特异性病毒分别从健康仔猪和腹泻仔猪的肠道中消失。此外，本研究发现一些DNA和RNA病毒在它们之间形成了很强的相关性。本研究系统地揭示了早期断奶仔猪肠道DNA和RNA病毒谱的生物多样性、结构和组成。此外，还阐明了早期断奶健康仔猪和腹泻仔猪之间肠道病毒差异的特征。重要的是，确定了早期断奶仔猪腹泻的一些潜在生物标志物。这些发现填补了早期断奶仔猪肠道病毒组的空白，并为制定靶向肠道病毒的策略奠定了基础，以预防和治疗早期断奶诱导的仔猪腹泻。
推荐语：本研究使用宏基因组学和宏转录组学技术检查了早期断奶健康仔猪和腹泻仔猪粪便中的DNA和RNA病毒并进一步对测序获得的DNA和RNA病毒谱进行了生物信息学分析，揭示了不同生物学分类的早期断奶仔猪中病毒群落的结构和组成特征。在早期断奶后具有不同健康状况的仔猪中，肠道病毒组的分化也得到了阐明。该研究是第一个系统分析早期断奶仔猪肠道病毒特征的景观的研究，这将有助于填补该领域的知识空白，并为未来更深入的研究奠定基础。
标题：Virome Analysis for Identification of a Novel Porcine Sapelovirus Isolated in Western China
译名：病毒组分析鉴定中国西部分离的新型猪沙贝洛病毒
作者：Jianing Chen等
时间：2022-08-08
期刊：Microbiology Spectrum
影响因子：9.043
DOI：10.1128/spectrum.01801-22
摘要：腹泻是与仔猪生产相关的最重要的问题之一，仔猪具有多种可能的病原体。本研究使用下一代测序（NGS）技术确定了一种猪皂病毒（PSV）菌株，作为猪群粪便样本中的病原体。系统发育分析表明，PSV分离株共享一种独特的多蛋白，并与2013年之前鉴定的中国分离株聚集，分离出PSV菌株并命名为GS01，描述了该病毒的体外和体内生物学特征。致病性调查显示，GS01可引起炎症反应，诱发新生儿仔猪严重腹泻。目前来看，这可能是PSV在中国西部的首次分离和表征。结果表明，PSV GS01菌株对新生仔猪具有破坏性，并且可能对皂病毒显示出扩展的作用。
推荐语：在以前的研究中，PSV感染总是亚临床的，或者只涉及一系列轻微的症状，包括脊髓损伤、食欲不全、腹泻和呼吸困难。然而，该研究通过病毒组分析分离出一种新的PSV并在体外和体内确定了这种病毒的生物学特性。研究表明，这种新型PSV可引起炎症反应，并诱发新生儿仔猪严重腹泻。
标题：Advances and challenges in cataloging the human gut virome
译名：人类肠道病毒组编目的进展和挑战
作者：Junhua Li等
时间：2022-07-13
期刊：Cell Host & Microbe
影响因子：31.316
DOI：10.1016/j.chom.2022.06.003
摘要：人类肠道病毒体在粪便含量中占109~10个病毒样颗粒(VLPs)/g，是肠道微生物群中不可忽视的组成部分，具有高丰度、时间持久性和显著的多样性。人类肠道病毒组通常被称为肠道微生物组的“暗物质”，目前仍然未得到充分研究。更好地了解肠道病毒组在人群中的组成和变化对于探索其对疾病和健康的影响至关重要。人类肠道病毒体表征的一系列进展揭示了肠道病毒的高遗传多样性和各种功能潜力。本文总结了最近可用的人类肠道病毒数据库，强调了这些肠道病毒组数据库的特征，讨论了差异，以及肠道病毒组编目程序的影响，并预测了未来研究中有待解决的挑战，旨在为研究人员在选择分析数据库时使用提供参考，并提出了对病毒种群进行分类的“最佳实践”。
推荐语：本文总结了最近可用的人类肠道病毒数据库，并讨论了它们的特征，程序和挑战，旨在为研究人员在选择分析数据库时使用提供参考，并提出了对病毒种群进行分类的“最佳实践”。
