本期太阳集团2018网站导读为大家播报有关微生物多样性的最新研究进展，如果大家想看本期任何一篇文章的详细精读，欢迎在下方给我们留言哦，我们将在后期推文中为大家带来详细解读~
Genome Biology
标题：Differential richness inference for 16S rRNA marker gene surveys
译名：16S rRNA 标记基因调查的差异丰富度推断
作者：M Senthil Kumar等
时间：2022-08-01
期刊：Genome Biology
影响因子：17.906
DOI：10.1186/s13059-022-02722-x
摘要：个人和环境健康结果经常与相关微生物群落多样性的变化有关。因此，基于微生物群多样性测量得出健康指标至关重要。虽然使用高通量16S rRNA标记基因调查产生的微生物组数据对此很有吸引力，但16S调查也会产生大量虚假的微生物类群。当忽略观察到的分类群数量的这种人为膨胀时，研究者发现检测到的分类群丰度的变化混淆了当前推断丰富度差异的方法。实验证据、理论指导的探索性数据分析和现有文献支持这样的结论，即大多数亚属发现是聚类16S测序读数的虚假伪影。研究者继续将16S调查的亚属分类群生成系统模式建模为属丰度的函数，以得出对错误分类群积累的稳健控制。这些控制解锁了经典回归方法，用于在所调查的微生物组合的各个级别上进行高度灵活的差异丰富度推断：从样本组到特定的分类群集合。
推荐语：在16S调查的特定情况下，错误分类群的生成率随着真实输入序列的输出丰度而强烈增加。因此，当前用于差异丰富度推断的方法将检测到的分类群丰度的变化误认为是丰富度的变化。本文的结果得出的结论是，16S调查中的大多数亚属分类群都是虚假的。基于这一发现，研究者提出了一种灵活的差分丰富度推断方法，并被证明可以克服混杂问题。
Microbiology Spectrum
标题：Effect of Intragenomic Sequence Heterogeneity among Multiple 16S rRNA Genes on Species Identification of Elizabethkingia
译名：多个16S rRNA基因的基因组内序列异质性对Elizabethkingia物种鉴定的影响
作者：Jiun-Nong Lin等
时间：2022-08-29
期刊：Microbiology Spectrum
影响因子：9.043
DOI：10.1128/spectrum.01338-22
摘要：对Elizabethkingia物种的准确鉴定大多需要使用分子技术，一般认为16S rRNA基因测序是首选方法。本项研究评估了16S rRNA基因的多个拷贝之间的种内多样性对Elizabethkingia属物种鉴定准确性的影响。分析了从保存在GenBan的Elizabethkingia的32个完整全基因组序列和从台湾5家医院收集的218个临床分离株中获得的 16S rRNA 基因序列。在Elizabethkingia中鉴定出4或5个16S rRNA拷贝具有完整基因组序列的物种。在所有Elizabethkingia菌株中，16S rRNA 基因拷贝之间的差异小于1% 。E.meningoseptica 的16S rRNA核苷酸变异率显着高于按蚊 ( P = 0.011)。核苷酸改变在V2和V6区比其他高变区更频繁（P <0.001)。E. meningoseptica、E.anophelis 和 E.argenteiflava 菌株在从 16S rRNA 基因推断的系统发育树中明显聚集，基因序列的基因组内变异对分类群的分类没有深远影响。然而，E.miricola、E.bruuniana、E.ursingii 和 E.occulta 在系统发育分析中被紧密分组，并且一个 E. ursingii 菌株中16S rRNA的多个拷贝之间的变异影响了物种分类。可能需要其他标记基因来补充Elizabethkingia属中密切相关的分类群的物种分类。重要细菌种类的错误鉴定会影响Elizabethkingia感染患者的流行病学和临床分析。
推荐语：由于用基于生化反应和质谱的技术无法准确识Elizabethkingi属的物种，因此细菌16S rRNA基因的序列分析在临床实践和科学研究中变得越来越重要，特别是对于新兴的新型微生物。本研究证明了16S rRNA基因序列异质性Elizabethkingi属物种鉴定的影响。
Bioinformatics
标题：MetaSquare: an integrated metadatabase of 16S rRNA gene amplicon for microbiome taxonomic classification
译名：MetaSquare：用于微生物组分类学分类的 16S rRNA 基因扩增子的集成元数据库
作者：Chun-Chieh Liao等
时间：2022-05-13
期刊：Bioinformatics
影响因子：6.931
DOI：10.1093/bioinformatics/btac184
摘要：16S 核糖体 RNA 基因扩增子的分类学分类是微生物组分析中一种有效且经济的方法。下游生物信息学管道中使用的 SILVA、RDP、EzBioCloud 和 HOMD 等 16S rRNA 序列数据库在序列冗余或新序列补充延迟方面存在限制。为了改进基于 16S rRNA 基因的分类学分类，我们将这些广泛使用的数据库和一系列新序列系统地合并为一个综合资源。MetaSquare 1.0 版是一个集成的 16S rRNA 序列数据库。它由超过 600 万个序列组成，提高了长读长和短读长方法的分类学分类分辨率。
推荐语：研究者整合了基本数据库来构建 MetaSquare，用于基于16S rRNA基因测序数据进行微生物组组成分析。总体而言，MetaSquare包括广泛使用的16S rRNA基因数据库，数据冗余有限。此外，它还包括增加数据库覆盖率的新序列。
Bioinformatics
标题：MarkerMAG: linking metagenome-assembled genomes (MAGs) with 16S rRNA marker genes using paired-end short reads
译名：MarkerMAG：使用配对末端短读长将宏基因组组装基因组 (MAG) 与16S rRNA标记基因联系起来
作者：Weizhi Song等
时间：2022-06-17
期刊：Bioinformatics
影响因子：6.931
DOI：10.1093/bioinformatics/btac398
摘要：宏基因组组装基因组（MAGs）大大扩展了我们对微生物功能的理解。然而，在系统发育分析和环境调查中常用的 16S rRNA 基因经常在 MAGs 中缺失。在这里，我们开发了MarkerMAG，这是一种使用配对末端测序读取将16S rRNA基因连接到 MAG的管道。对具有不同复杂程度的三个基准宏基因组数据集的MarkerMAG评估显示，具有16S rRNA基因的MAG数量显着增加，分配准确度达到 100%。MarkerMAG 还可以高精度估计MAG中16S rRNA基因的拷贝数。对三个真实宏基因组数据集的评估表明，具有16S rRNA基因的MAG数量增加了1.1到14.2倍。研究结果表明，MarkerMAG改进的MAG提高了从16S rRNA基因扩增子数据进行功能预测的准确性。
推荐语：该研究所开发的MarkerMAG 有助于将MAG数据库中的信息与16S rRNA数据库和调查中的信息联系起来，从而有助于我们加深对微生物多样性、功能和系统发育的理解。
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
标题：Exploring the Association Between Cervical Microbiota and HR-HPV Infection Based on 16S rRNA Gene and Metagenomic Sequencing
译名：基于16S rRNA基因和宏基因组测序探索宫颈菌群与HR-HPV感染的关系
作者：Bingyan Fang等
时间：2022-06-21
期刊：Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
影响因子：6.073
DOI：10.3389/fcimb.2022.922554
摘要：宫颈阴道微生物组与高危人乳头瘤病毒 (HR-HPV) 之间的关系得到了很好的观察。然而，关于HR-HPV感染中的宫颈微生物群缺乏足够的研究。大多数已发表的研究成果都使用了16S rRNA基因测序技术；该技术只关注标记序列，导致基因信息获取不完整。宏基因组测序技术可以有效弥补16S rRNA基因测序的不足，从而提高微生物群功能分析。通过16S rRNA基因和宏基因组测序分析了20名HR-HPV感染女性和20名未感染（对照）女性的宫颈拭子样本。我们的研究结果表明，HR-HPV 感染的宫颈微生物群的组成和功能与对照组女性显着不同。与对照组女性相比，在 HR-HPV感染期间厚壁菌门减少，而放线菌增加。在属水平上，对照女性富含乳酸杆菌，而加德纳菌和双歧杆菌的水平较低。在物种层面，对照女性中富含卷曲乳杆菌、詹氏乳杆菌和瑞士乳杆菌；这些是两组之间具有生物标志物显着性的前三个物种。在HR-HPV感染和对照女性之间确定了宫颈微生物群的8种途径和4种 KEGG同源性统计差异。
推荐语：总体而言，本项研究描述了宫颈微生物群及其在HR-HPV感染期间的潜在功能。宫颈微生物群的生物标志物和改变的细菌代谢途径和代谢物有助于阐明HR-HPV感染的致病机制，使其成为HR-HPV感染和宫颈癌临床治疗和干预的有希望的靶点。
